Góp phần đánh thắng chiến tranh phá hoại ở miền Bắc và chiến tranh cục bộ ở miền Nam
Ngày 26/5/1965, Hội nghị Công an toàn quốc lần thứ 20 họp bất thường, xác định những nhiệm vụ cấp bách. Ngày 29/4/1966, Bộ Chính trị ra chỉ thị về tăng cường giữ gìn an ninh miền Bắc, kiên quyết đánh bại mọi âm mưu, hoạt động của bọn gián điệp và phản cách mạng khác trong tình hình chiến tranh phá hoại của Mỹ.
Tháng 10/1966, Bộ Công an tổ chức Đại hội thi đua Vì an ninh Tổ quốc lần thứ nhất. Chủ tịch Hồ Chí Minh tới thăm, nói chuyện với đại hội. Người khen ngợi lực lượng CAND đã có những thành tích xuất sắc và căn dặn cán bộ, chiến sĩ Công an duy trì tốt trật tự an ninh xã hội, nhất là các thành phố.
Nhằm đấu tranh với phương thức hoạt động gián điệp biệt kích trà trộn trong cơ quan thường trú và các phái đoàn lâm thời, ngày 24/5/1967, Bộ Công an ra quyết định quy định công tác về người nước ngoài…
Trong những năm chống chiến tranh phá hoại của địch, lực lượng Công an triển khai nhiều biện pháp công tác và phương án bảo vệ bảo đảm tuyệt đối an toàn cho các đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước, đoàn khách quốc tế, bảo vệ nội bộ.
Đặc biệt, ngày 18/4/1966, đồng chí Nguyễn Thị Ngọc Đoàn, chiến sĩ Cảnh vệ đã dũng cảm lấy thân mình che chở cho một đồng chí trong đoàn công tác của Đảng Cộng sản Venezuela trên đường đi Quảng Ninh bị máy bay Mỹ tấn công. Ngày 1/5/1967, Ban Bí thư Trung ương Đảng ra chỉ thị về công tác bảo vệ tài sản, thực hành tiết kiệm. Theo đó, Bộ trưởng Bộ Công an ra quyết định quy định nhiệm vụ, tổ chức cho Cục Bảo vệ kinh tế. Để bảo vệ tài sản Nhà nước và nhân dân, lực lượng Công an đã phối hợp các ngành có liên quan phân tán hàng hóa, ngụy trang kho hàng, bến bãi, thực hiện bốc dỡ, giải phóng tàu thuyền nhanh chóng. Công an các địa phương là lực lượng xung kích tuyên truyền vận động toàn dân triệt để phân tán hàng hóa, tài sản, chống chiến tranh phá hoại.
Ở miền Nam, đế quốc Mỹ tăng cường, mở rộng chiến lược chiến tranh cục bộ. Từ cuối năm 1966, lực lượng An ninh trong toàn miền Nam đẩy mạnh công tác diệt ác, trừ gian, phá kế hoạch bình định nông thôn của địch. Trong chống càn, xuất hiện nhiều gương chiến đấu anh dũng như đồng chí Võ Văn Vân, trong hoàn cảnh vũ khí, đạn dược thiếu thốn đã có sáng kiến dùng đạn pháo lép chế tạo thành mìn, diệt 3 xe tăng của địch. Lực lượng An ninh phân khu I do đồng chí Bùi Quang Hảo chỉ huy dẫn đường cho cán bộ, chiến sĩ Tiểu đoàn Quyết thắng tập kích sau lưng địch.
Trong các cuộc chống địch hành quân, càn quét thời gian này, có gần 300 cán bộ, chiến sĩ an ninh hy sinh và bị thương. Ban An ninh Trung ương Cục được Ủy ban Trung ương Mặt trận giải phóng miền Nam tặng thưởng Huân chương Giải phóng hạng nhất; các đồng chí Hồng Thanh, Tám Trọng, Sáu Phương được tặng danh hiệu “Dũng sĩ diệt Mỹ”. Tăng cường cho An ninh miền Nam, tháng 12/1967, Bộ Công an mở 3 lớp bồi dưỡng chi viện cho chiến trường phục vụ cho tổng tiến công, nổi dậy.
Ngày 15/12/1967, Thường vụ Trung ương Cục miền Nam ra Chỉ thị số 32 về nhiệm vụ, phương hướng công tác an ninh thời gian tới. Ngày 3/5/1968, Thường vụ Trung ương Cục ra Chỉ thị số 12 về việc tiếp tục chỉ đạo công tác an ninh sau cuộc tổng tiến công, nổi dậy Tết Mậu Thân.