Chính phủ Bush vẫn duy trì những mối quan hệ chặt chẽ với chính quyền từng tiếp nhận Osama bin Laden bất chấp mọi chỉ trích về nhân quyền đối với Sudan hay về việc nước này vẫn nằm trong danh sách các nước bảo trợ cho chủ nghĩa khủng bố. Bởi một lẽ là nước này cho phép đội quân tình báo Mỹ bắt giữ một số lượng lớn những đối tượng khủng bố khả nghi và chấp nhận chia sẻ thông tin với họ.
Tâm điểm của mối quan hệ mờ ám này là tướng Salah Abdallah Gosh, Giám đốc các cơ quan tình báo Sudan. Tháng 4/2005, CIA đã gửi thư mời Salah Abdallah Gosh tham gia các cuộc nói chuyện bí mật tại Washington, điều này đánh dấu một sự hợp tác mà cho tới nay vẫn che giấu.
“Sudan đã cung cấp cho chúng tôi những thông tin chính xác, quan trọng” - một quan chức Bộ Ngoại giao Mỹ cho biết. “Tình báo Mỹ coi chúng tôi là những người bạn” - tướng Yahia Hussein Babiker, một trong những thành viên chính của Chính phủ Sudan hiện nay cho biết. Tướng Gosh khẳng định: “Chúng tôi duy trì mối quan hệ vững chắc với CIA”.
Tuy nhiên, tướng Gosh từng bị tố cáo là một trong những nhân vật chính tổ chức các cuộc tấn công nhằm vào dân thường tại Darfour.
Sau cuộc đảo chính của nhà nước quân sự thành công, tướng Omar Hassan Al-Bachir lên nắm quyền lãnh đạo Sudan vào năm 1989. Tuy nhiên, Sudan kể từ đó đã trở thành một lãnh địa cho các phần tử Hồi giáo cực đoan: tướng Bachir ngay khi lên nắm quyền đã quyết định cho phép mọi người theo đạo Hồi có thể tự do vào lãnh thổ Sudan mà không cần bất cứ thứ giấy tờ gì. Chính trong giai đoạn này, những nhân vật nổi tiếng như Abou Nidal, Carlos và nhất là Osama bin Laden đã lần lượt vào Sudan.
Năm 1993, Chính phủ của Tổng thống Clinton đã liệt Sudan vào danh sách các quốc gia bảo trợ chủ nghĩa khủng bố. Cuối năm 1995, Mỹ đóng cửa văn phòng của CIA tại Khartoum. Tháng 2/1996, đại sứ Mỹ tại Sudan được gọi về nước. Lo lắng trước tình hình ngoại giao căng thẳng này, Chính phủ Sudan đã nhiều lần cố gắng lấy lại niềm tin của Nhà Trắng. Cũng trong năm 1996, Chính phủ Sudan buộc Bin Laden phải rời khỏi đất nước này. Tuy nhiên, hành động này đã không được Washington để mắt.
Khác với chính quyền của Bill Clinton, Chính phủ ông Bush, ngay khi lên nắm quyền đã mong muốn cải thiện mối quan hệ nguội lạnh bấy lâu với Khartoum. Nghịch lý ở chỗ trong cuộc khủng bố ngày 11/9/2001, Sudan bị kết tội liên quan lại thực sự là động cơ để thúc đẩy quan hệ Mỹ -Sudan. Cuối tháng 9/2001, Walter Kansteiner, khi đó là Thứ trưởng Ngoại giao phụ trách về châu Phi cùng một vị giám đốc CIA đã gặp gỡ Babiker, nhân vật lúc đó giữ chức Phó giám đốc các cơ quan tình báo Sudan tại Đại sứ quán của Mỹ ở London.
Cuộc gặp này đã đi đến một thảo ước. Vài ngày sau đó, sự phủ quyết của Mỹ tại Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc đã giúp cho Sudan tránh được lệnh trừng phạt của quốc tế trong vụ việc nước này bị tố cáo liên can tới vụ ám sát Tổng thống Ai Cập Hosni Moubarak, năm 1995.
Cũng vào thời điểm đó, người Sudan đã vận chuyển sang Mỹ hàng đống tài liệu chứa đầy thông tin về các thành viên của Al -Qaeda và các nhóm cực đoan khác, được ghi chép trong thời gian bọn chúng lưu lại Khartoum. Liệu mối quan hệ này có phải đã khiến ông Bush bật đèn xanh cho Sudan tùy quyền xử lý, đặc biệt là vấn đề tại Dafour hay không? “Chúng tôi đã không có những biện pháp nhằm chống lại sự biến tướng của tội ác vì chúng tôi không muốn đương đầu với Sudan trong khi nước này đang có thái độ hợp tác về vấn đề chống chủ nghĩa khủng bố” - John Prendergast, trợ lý đặc biệt của tổ chức International Crisis Group, cựu thành viên của Hội đồng An ninh quốc gia Mỹ, cho biết