Băn khoăn việc có nên tổ chức Hội đồng nhân dân đặc khu
4 vấn đề đã được gợi ý để các thành viên Chính phủ lựa chọn. Thứ nhất, liên quan đến tên gọi, phạm vi điều chỉnh của Luật (Điều 1 dự thảo Luật), phiếu thăm dò đã đưa ra 2 phương án: Phương án 1 như Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã trình Chính phủ tên gọi là Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt để phù hợp với kết luận của Bộ Chính trị và Nghị quyết của Quốc hội. Phương án 2 được đưa ra là đổi tên thành Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Vân Đồn, Bắc Vân Phong và Phú Quốc cho phù hợp với nội dung và phạm vi điều chỉnh của dự thảo Luật (chỉ quy định cho riêng 3 khu này).
Về tổ chức và hoạt động của chính quyền địa phương đặc khu – vấn đề gây tranh cãi hàng đầu về tính hợp hiến, mức độ trao quyền cho trưởng đặc khu và khả năng giám sát, cũng có 2 phương án được gợi ý. Phương án 1 là tổ chức Trưởng Đặc khu như một thiết chế, không tổ chức HĐND và UBND ở cấp Đặc khu; cũng không tổ chức HĐND và UBND ở cấp xã, phường mà tổ chức Trưởng khu hành chính với tính chất là người đại diện hành chính của Trưởng Đặc khu tại địa bàn khu hành chính.
Phương án 2 là tổ chức một cấp chính quyền địa phương ở Đặc khu gồm có HĐND và UBND; không tổ chức cấp chính quyền địa phương ở xã, phường trực thuộc mà tổ chức Văn phòng Khu hành chính với tính chất là cơ quan hành chính đại diện của UBND Đặc khu trên địa bàn khu hành chính.
Trước đó, tại Hội thảo về tổ chức chính quyền đặc khu do Bộ Kế hoạch & Đầu tư tổ chức, ông Hoàng Thanh Tùng – Phó Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật, cơ quan thẩm tra dự án luật cũng cho biết: Qua thẩm tra và cho ý kiến sơ bộ thì đây là một trong những vấn đề cả cơ quan thẩm tra lẫn Ủy ban Thường vụ Quốc hội còn ý kiến khác nhau.
Riêng Ủy ban Pháp luật cũng còn ít nhất 3 luồng ý kiến, 2 luồng ý kiến tương tự như các phương án được đưa ra thăm dò các thành viên Chính phủ (nhưng bên cạnh Trưởng Đặc khu có thiết kế thêm Hội đồng giám sát tư vấn, với mục đích bảo đảm phù hợp với quy định của Hiến pháp về tăng cường giám sát quyền lực ngang cấp) và ý kiến đề nghị vẫn tổ chức HĐND và UBND, nhưng với thẩm quyền khác.
Các chuyên gia lập pháp cũng còn rất nhiều cách hiểu khác nhau về Điều 111 Hiến pháp 2013 – bắt buộc hay không bắt buộc phải có Hội đồng nhân dân và nếu chỉ có trưởng đặc khu có vi hiến hay không.
Về lựa chọn pháp luật áp dụng đối với hợp đồng đầu tư, thương mại, dân sự có yếu tố nước ngoài của tổ chức, cá nhân có trụ sở chính hoặc nơi cư trú tại đặc khu (Điều 6 dự thảo Luật), phương án thứ nhất được đưa ra là không áp dụng quy định tại điểm a khoản 1 Điều 670 Bộ luật Dân sự, theo đó cho phép áp dụng pháp luật nước ngoài.
Phương án 2 là thực hiện đầy đủ theo quy định hiện hành của Bộ luật Dân sự, áp dụng quy định tại điểm a khoản 1 Điều 670 Bộ luật Dân sự, theo đó pháp luật nước ngoài được dẫn chiếu đến không được áp dụng trong trường hợp hậu quả pháp lý của việc áp dụng pháp luật nước ngoài trái với nguyên tắc cơ bản của pháp luật Việt Nam.
Về nguồn vốn đầu tư cho đặc khu (Điều 23 dự thảo Luật), phương án 1 là ngân sách Trung ương hỗ trợ có mục tiêu để xây dựng hệ thống kết cấu hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội, công trình bảo vệ môi trường quan trọng. Mức hỗ trợ đối với từng đặc khu do Ủy ban Thường vụ Quốc hội quyết định. Phương án 2 là để lại toàn bộ số tăng thu nội địa và toàn bộ số thu từ tiền cho thuê đất, tiền sử dụng đất phát sinh trên địa bàn đặc khu trong thời gian không quá 10 năm kể từ khi thành lập, để xây dựng hệ thống kết cấu hạ tầng.
Ngoài ra, các thành viên Chính phủ cũng có thể đề đạt các ý kiến khác về các nội dung được đưa ra gợi ý hoặc về các nội dung khác.